Keberadaan Desa Medana tidak bisa terlepas dari sejarah terbentuknya kerajaan Sokong. Kerajaan Sokong adalah sebuah kerajaan yang terbentuk setelah kunjungan pertama panglima angkatan laut kerajaan Majapahit Laksamana Empu Nala sekitar tahun 1343 (Abad ke 14) yang diutus oleh Ratu Majapahit untuk melakukan ekspedisi ke pulau Lombok. Laksamana Empu Nala langsung mendirikan kerajaan-kerajaan di pulau Lombok termasuk 2 kerajaan besar di Lombok Utara yaitu kerajaan Bayan dan kerajaan Sokong. Ekspedisi ke pulau Lombok dilakukan dalam rangka melaksanakan sumpah Palapa yaitu Sumpah dari Patih Gajahmada untuk menyatukan Nusantara di bawah Bendera Majapahit Ratu Tribona Tungga Dewi. Sesuai dengan perjalanan sejarah kerajaan Sokong dibagi menjadi dua wilayah dengan batas kali Sokong. Di sebelah timur kali Sokong bernama kerajaan Sokong Belimbing, sedangkan di arah barat kali Sokong sampai wilayah Mambalan (Gunungsari) bernama Sokong Kembang Dangar.
Nama “Medana” berasal dari nama sosok yang sangat darmawan dan dicintai masyarakat yaitu Raden Wira Dana atau Mak Dana yang berasal dari desa Sukadana (Mak=Raden). Mak Dana adalah seorang ahli hakikat yang senang berkeliling untuk mengajari ilmu agama yang dimilikinya. Suatu saat beliau melakukan perjalanan dan sampailah di wilayah pesisir Teluk Dalem (sekarang desa Medana).Beliau meminta izin kepada raja Sokong untuk menetap dan bercocok tanam di wilayah pesisir. Selain ahli agama, beliau juga memiliki keahlian di bidang pertanian dan beliau banyak mengajarkan masyarakat bagaimana menanam kacang dan kelapa yang benar. Karena kerajinan dan sifatnya yang sering memberi dana (sosial) beliau sangat dicintai oleh masyarakat. Tidak hanya masyarakat yang senang akan keberadaan Mak Dana, akan tetapi Raja Sokong juga sangat berterimakasih kepada beliau. Status ekonomi Mak Dana semakin lama semakin meningkat dan semakin darmawan pula kepada masyarakat. Keadaan seperti itu menimbulkan kecemburuan dari petinggi prajurit Sokong yang bernama Bawaji. Bawaji sering mengintimidasi Mak Dana dengan meminta sesuatu yang tidak mungkin, seperti meminta anak gadis Mak Dana. Sampai Pada puncak kecemburuannya Bawaji akhirnya membunuh Mak Dana dan dimakamkan di Makam Medana. Mendengar kabar tersebut Raja sangat murka dengan prajuritnya sendiri. Sehingga raja mengutuk Bawaji dan akhirnya menjatuhkannya hukuman mati.Walau demikian, masyarakat Medana meyakini bahwa Mak Dana tidak terbunuh melainkan menghilang. Sampai saat ini masyarakat sering berziarah ke makam Medana karena masyarakat yakin Mak Dana yang sangat darmawan pasti akan membantu mengurangi beban ekonomi masyarakat.
Keberadaan Kerajaan Sokong tidak berlangsung lama. Sekitar abad ke 16, kerajaan Karangasem Bali (Gel-gel) datang dan menyerang pusat kerajaan Sokong yaitu Bebekek. Oleh karena itu, masyarakat menyembunyikan diri ke hutan Batu Rakit. Di hutan warga akhirnya bermukim. Seiring dengan perjalanan waktu dan berkembangnya masyarakat membutuhkan tempat yang akhirnya masyarakat menyebar ke pinggiran. Sampai saat ini terdapat situs peninggalan kerajaan Sokong disana seperti piring pecah seribu, dan Masjid.
Sekitar tahun 1940 sistem penataan penduduk sudah ada di Lombok Utara. Untuk para penduduk asli sasak harus tinggal di bagian tengah atau hutan, sedangkan para pendatang dizinkan bermukim di wilayah pesisir. Sebelum tahun 1940 para pendatang baik dari suku Bugis, Banjar, maupun Cina sudah mulai berdatangan untuk melakukan perdagangan. Para pendatang akhirnya menetap di wilayah pesisir dan membuat pemukiman yaitu daerah Jambianom dan Teluk Dalem. Pemisahan wilayah untuk pendatang ini bertujuan agar tatanan adat masyarakat tidak bercampur dengan budaya lain. Namun, seiring waktu budaya tersebut sudah bercampur akibat perkawinan beda budaya, sehingga pemisahan wilayah tidak ada lagi sampai saat ini.
Sistem pemerintahan di Lombok Utara sebelum pemekaran berbeda dengan setelah pemekaran di desa Medana. Sebelum Pemekaran (< tahun 1950) pemegang jabatan langsung dipilih oleh masyarakat yang berasal dari keturunan Datu (Strata I). Selain itu istilah pemegang jabatan berasal dari bahasa belanda misalnya distrik untuk kepala Camat, Pemusungan untuk Kepala desa dan Keliang untuk kepala dusun, Lang-lang untuk hansip. Setelah tahun 1966 istilah pemegang jabatan diganti berdasarkan Undang-Undang no. 72 dan Camat langsung diangkat oleh Bupati. Strata sosial masyarakat di lombok utara terdiri dari tiga tingkatan yaitu datu/kedautan (tingkat I yang boleh dijadikan sebagai pemimpin), Raden (tingkat II sebagai patih kerajaan), Prajurit (tingkat III sebagai masyarakat yang dibebaskan dari pajak tanah dan diberikan tanah seluas 0.5 Ha), Bebas (tingkat IV sebagai petani dan pedagang). Saat ini strata sosial masyarakat tidak terlalu berpengruh, hanya saja posisi kedatuan masih dihormati oleh masyarakat setempat. Selama berdirinya desa Medana sudah dilakukan 2 kali pergantian kepala desa. Kepala desa pertama yaitu bapak Jamaludin, sebagai bapak kepala desa pertama hasil pemilihan kepala desa tanggal 15 desember 2004 dan di lantik oleh bupati Lombok Barat tanggal 12 januari 2005 dan berakhir sampai dengan 12 januari 2010. Kedua yaitu bapak Subianto Jaswadi, S.Ip, diangkat melalui surat keputusan Bupati Lombok Utara dengan SK No. 19/03/Pem./2011 dan pelantikannya di lakukan oleh bupati Lombok Utara tanggal 29 januari 2011.
Asal Usul Kata Medana di ambil dari nama suatu obyek wisata religi setempat yang didalamnya terdapat sebuah makam dari seorang sufi yang memiliki pengetahuan agama yang tinggi tentang ilmu hakikat yang bernama Raden Wira Dana, sehingga nama Medana di ambil dari singkatan Makam Raden Wira Dana. Menurut cerita dari Datu Artadi salah satu tokoh adat dan pemerhati seni dan budaya Kabupaten Lombok Utara, bahwa Makam Medana ini diyakini sebagai makam dari seorang bernama Raden Wira Dana, seorang laki-laki yang berasal dari Sukadana Kecamatan Bayan. Ketika istrinya meninggal dunia, ia melakukan perjalanan atau pengembaraan dengan anak perempuannya ke arah barat yaitu menuju Kerajaan Sokong.
Sesampai di Kerajaan Sokong, ia meminta ijin kepada Raja Sokong untuk bisa menetap dan tinggal di wilayah Kerajaan Sokong, dan akhirnya permintaan tersebut direstui oleh sang raja. Karena kepiawaiannya dalam bertani, Raden Wira Dana dipersilahkan oleh Raja Sokong untuk tinggal menetap di wilayah pesisir Sokong dan mengajarkan masyarakat setempat untuk bercocok tanam pohon kelapa.